După instalare, Kaspersky Endpoint Security adaugă certificatul Kaspersky la stocarea de sistem a certificatelor de încredere (depozitul de certificate Windows). Kaspersky Endpoint Security utilizează acest certificat pentru a scana conexiunile criptate. Kaspersky Endpoint Security include și utilizarea stocării de sistem a certificatelor de încredere în Firefox și Thunderbird pentru a scana traficul acestor aplicații.
Componentele Control Web, Mail Threat Protection și Web Threat Protection pot decripta și scana trafic de rețea transmis prin conexiuni criptate care folosesc următoarele protocoale: